Täysin uusi Yaris saavutti viiden tähden turvallisuusarvostelun, jatkaen mallin vahvaa turvallisuusmainetta. Ensimmäisestä sukupolvestaan lähtien Yaris on jatkuvasti suoriutunut hyvin Euro NCAP -testeissä. Ensimmäinen Yaris-malli nimettiin luokkansa turvallisimmaksi autoksi vuonna 2000. Toisen sukupolven edustaja saavutti täyden viiden tähden tuloksen vuonna 2005. Uusimmalle mallille myönnettiin nyt korkein Euro NCAP 2011 -testimenetelmän tulos. Lisäksi sen saavuttamat pistemäärät oikeuttaisivat viiden tähden arvostelun myös vuonna 2012 käyttöönotettavilla kriteereillä, joissa jalankulkijoiden turvallisuustestin vaatimukset muuttuvat haastavammaksi.

Yarisin kori on suunniteltu hajauttamaan tehokkaasti keula-, sivu- ja peräkolarien aiheuttamia törmäysvoimia jotta muodonmuutokset jakaantuvat onnettomuustilanteissa laajalle alueelle. Keulakolareissa korin muodonmuutoksia vaimennetaan johtamalla törmäysenergiaa etupuskurin alueelta A-pilareihin, helmoihin, pohjarakenteisiin ja keulan sivupalkkeihin.

Sivutörmäyksiä silmällä pitäen Yarisin helmoissa on laipiot jotka varmistavat törmäysvoimien siirtymisen tehokkaasti iskukohdasta laajemmalle alueelle ja vähentävät kylkien painumista kohti matkustajia. Ovissa on törmäysenergiaa vaimentavat palkit, jotka osaltaan pienentävät kylkikolareiden aiheuttamaa loukkaantumisriskiä.

Uutuusmallissa on seitsemän turvatyynyä: kuljettajan ja etumatkustajan etuturvatyynyt, kuljettajan polviturvatyyny ja täysimittaiset ikkunaturvatyynyt. Lisäksi etuistuimilla on sivuturvatyynyt, jotka ovat kaksikammioiset tehokkaamman suojan saavuttamiseksi (rintakehän ja vatsan alueelle 8 litraa, lantiolle 4,5 litraa).

Yarisissa on useita ominaisuuksia jotka pienentävät jalankulkijoiden loukkaantumisriskiä mahdollisissa yhteentörmäyksissä. Etupuskurin energiaa sitovat materiaalit auttavat vähentämään jalkoihin kohdistuvien iskujen voimakkuutta. Konepellin kiinnitysmekanismi on suunniteltu antamaan törmäystilanteissa periksi pituussuunnassa, jolloin jalankulkijan päähän ja vartaloon kohdistuvat iskut heikkenevät.

Aktiivinen turvavarustelu on kattava. Kaikissa kolmannen sukupolven Yariseissa on vakiona luistonesto, ajonvakautus, elektroninen jarruvoiman jako, hätäjarrutehostin, turvavyömuistutin ja niskan retkahdusvammoja estävät etuistuimet.

Nykyisellä Euro NCAP -testimenetelmällä testatuista Toyotista viisi tähteä on annettu myös Avensikselle (2009), iQ:lle (2009), Priukselle (2009) ja Versolle (2010).